「高円寺」という名前は当地にある曹洞宗の寺院「宿鳳山高円寺」(しゅくほうざんこうえんじ)に由来します。
この宿鳳山高円寺は、弘治元年(1555年)中野成願寺三世建室宗正により開山されました。
将軍徳川家光が鷹狩りの際、雨宿りのために当寺に立ち寄り、時の住職が家光を将軍としてではなく一般の雨宿りの客として、さりげなくもてなしたことが気に入られ、家光は鷹狩りの度に当寺に立ち寄るようになったことで、当寺は広く知られるようになりました。
徳川家ゆかりの寺である事は「三つ葉葵の紋」を所々見れる事から推測できます。
江戸時代初期までは「小沢村」と呼ばれていましたが、家光が鷹狩りでしばしば村を訪れ宿鳳山高円寺でたびたび休憩した経緯から寺の名前が有名になり、正保年間の頃に「小沢村」から「高円寺村」に変更されました。
これが現在の「高円寺」の地名のルーツだと言われています。